La acusación contra los seis dirigentes está basada únicamente en el testimonio de un informante de la Fiscalía, Dionisio Olazar, quien indicó su participación junto a otros miembros de la dirección política del Partido Patria Libre en una reunión en la cual se decidió dar muerte a Cecilia Cubas, quien se encontraba secuestrada desde hacía varios meses.
Dicho testimonio es sumamente controvertido ya que el informante cambió varias veces de versión, de acuerdo a los intereses de la Fiscalía y la querella, cayendo en contradicciones irresolubles. Sin embargo ninguna de las instancias judiciales intervinientes dieron cuenta de ello.

Durante el año 2014 la Coordinadora de Derechos Humanos del Paraguay presentó un informe acerca de las violaciones cometidas en el proceso judicial contra los seis, entre los más importantes indicaban:
1. Violación del derecho a la defensa: el Tribunal actuante en el caso impidió la presentación de pruebas de descargo que le hubieran servido a los seis campesinos para probar su inocencia.
2. Violación del principio de inocencia y sentencia previa: los acusados siempre fueron tratados como culpables, lo cual consta por escrito en la denegación de pedidos presentados a su favor antes de la confirmación de la condena e
por parte tanto del tribunal como de la Cámara de Apelaciones. Asimismo, Codehupy probó que la sentencia fue escrita con anterioridad a la finalización del juicio.
3.Abuso de la prisión preventiva: los seis cumplieron 10 años de prisión efectiva sin condena firme. El máximo establecido por la Constitución paraguaya es de 5 años. Asimismo, la omisión de contar el tiempo de prisión que los seis sufrieron en Argentina le permitió a la Justicia violar un sinnúmero de garantías procesales y denegar beneficios a los que hubieran debido acceder al cumplirse plazos procesales, como el levantamiento de prisión preventiva y la extinción de la causa penal.
4. Violación al derecho a ser juzgado en un plazo razonable: los seis fueron llevados a juicio casi seis años después de haber sido arrestados, por dilaciones del poder judicial.

Todas estas violaciones procesales son avaladas ahora por el reciente fallo de la Corte Suprema.
Sin embargo la decisión, por demás esperable, permite a las defensas legales acudir a instancias judiciales internacionales, posibilidad que estaba cerrada antes de la resolución de la Corte.